【隠し要素】独立軍ルート

「華麗なるル・カイン」で、NPCの3機を撃墜させず撤退に成功で、クリア時に機体のみ入手

• リアル系：破滅を導くガンダムで、無条件で加入
• スーパー系：破滅を導くガンダムで、クワトロで説得でクリア後に加入

「海と大地の狭間より」で、4ターンの間ガラリアに一切攻撃しないでいると、自動的に加入

「裏切りの町」クリア後の選択肢で、1番目の選択肢を選択で、加入

• 条件1「時は流れた」でシローとアイナが交戦し、シローでアイナを説得
• 条件2「衝撃のビクトリア」でシローでアイナを説得で、クリア後に加入

「少女が見た流星」でエイジでゲイルを説得済みなら、「梁山泊の戦い」クリア後に加入

「梁山泊の戦い」クリアまでに草間大作の撃墜数が20以上なら加入

「OZ分裂（前編）」で、デュオでヒルデを説得後、味方ユニットになり、ステージクリアまで撃墜されなければ加入

• 条件1「悲しみのホンコンシティ」で、カミーユでフォウを2回説得
• 条件2「海と大地の狭間より」で、カミーユでフォウを説得
• 条件3「OZ分裂（後編）」で、カミーユのLVが増援のジェリドのLV以上(同LVもOK)の時にカミーユでフォウを説得で、クリア後に加入

• 条件1「悲しみのホンコンシティ」か、「卑劣な罠を破れ！」でドモンでアレンビーを説得
• 条件2「OZ分裂（後編）」でドモンでアレンビーを説得で、クリア後に加入

• 条件1「偽りの平和」で、マナミでアイシャを説得
• 条件2「OZ分裂（前編）」で、マナミでアイシャを説得
• 「その名はエピオン」で、敵が9機以下になった時、マナミが生存していれば味方援軍で、アイシャが出現

• 条件1「激闘！ラビアンローズ」でセレインとリッシュが交戦し、その戦闘前会話で「フン！物好きな奴だな」か、「敵である以上は戦う以外はなかろう」を選択
• 条件2「OZ分裂（前編）」でセレインでリッシュを説得で、「その名はエピオン」開始前に加入

• 条件1「スウィートウォーター防衛戦」でゲーツを撃墜し、ロザミアを撤退させる
• 条件2「混沌の地球圏」でゲーツを撃墜後、カミーユでロザミアを説得で、クリア後に加入

• 条件1：レラが自軍に同行している状態
• 条件2：「混沌の地球圏」でアークでエルリッヒを説得し、クリア後の選択肢で「わかりません、わかりませんけど…」を選択
• 次話が「ここより共に」になり、援軍で出現したエルリッヒがそのまま加入

• 条件1：「混沌の地球圏」までにブラッドでカーツを2回以上撃墜
• 条件2：条件1を達成時、次話が「決着の時」になり、同話クリア時にブラッドの撃墜数が100以上でカーツが加入

「マーズとマーグ」クリア後、ガンダムMk-IIIを入手。
メタスがメタス改に強化される(メタス時の改造は引継ぎ)

• 条件1「混迷への出撃」でデュークでナイーダを説得
• 条件2「銀河帝国先遣艦隊」開幕前の選択肢で「タケルの衝撃波を食らわせる」を選択で、ナイーダが強制出撃し、そのまま加入

「獣戦機基地 総攻撃」でキリカをデューク⇒マリアの順番で説得すると、クリア後に加入

• 「死闘！ランタオ島大決戦（後編）」でアレンビーが加入済みの場合、強制出撃し、2EPに敵増援として出現
• 5PP以内に(2EPでアレンビー出現時)、ドモン、レインの順番でアレンビーを説得で、クリア後に再加入

• 条件1「シャピロ、転生！」で、ショウでトッドを説得
• 条件2「宇宙の呼ぶ声」か、「広がっていく悪意」で、ショウでトッドを説得

• 条件1「混迷への出撃」か、「争い絶えない世界で（後編）」で、タケルでマーグを説得
• 条件2「銀河帝国先遣艦隊」で、タケルでマーグを説得後に、タケルでマーグを撃墜し、タケルでロゼを説得
• 条件3「決死の突破作戦（後編）」で、タケルでロゼを説得で、クリア後に加入

• 条件1「勝利者のいない戦い」で、ジュドーでプルを説得
• 条件2「地球圏制圧」で、先にグレミーを撃墜してから、ジュドーでプルを説得で、加入

• 条件1「決戦宙域（後編）」で、ジュドーでプルツーを説得
• 条件2「野心」で、ジュドーでプルツーを説得
• 条件3「アクシズの攻防（中編）」で、グレミーを撃墜前にジュドーでプルツーを説得で、クリア後に加入

• 条件1「決戦宙域（前編）」で一時加入するマシュマーとキャラを生存したまま、クリアする(撃墜させない)
• 条件2「アクシズの攻防（前編）」で、マシュマーかキャラをジュドーで説得(この時、先に説得した方のみ加入対象に)
• 条件3「悪夢再来」クリア後の選択肢で、「地球圏に残留する」を選択
• 条件4「シャアの反乱」で、8PPに説得した方が味方援軍として出現し、そのまま加入

• 条件1「悪夢再来」クリア後の選択肢で、「地球圏に残留する」を選択
• 条件2「シャアの反乱」クリア後に入手

「悪夢再来」か、「醒めない悪夢」クリア後の選択肢で「地球圏に残留する」を選択し、その後に発生する選択肢でキュベレイMK-IIの機体色をプル機の黒、プルツー機の赤にするか選択可能

• 条件1「混沌の地球圏」で、ドモンでキラルを撃墜
• 条件2「恐怖！デビルアクシズ始動！（前編）」で、キラルが味方援軍で出現し、そのまま加入

• 「絶叫の宇宙」で、ラー・カイラムをアクシズに到達させる
• ラー・カイラムがアクシズ到達前か、到達してから2ターン経過する前に、クェスを撃墜していない状態で、アムロでシャアを撃墜する
• ラー・カイラムがアクシズに到達してから2ターン経過後、アクシズ落下阻止イベントが発生し、そのままクリアになり、クリア後にクェスが加入